M.J. Aalders als historicus
In 1982 studeerde M.J. Aalders af bij prof. dr. C. Augustijn, hoogleraar kerkgeschiedenis aan de Faculteit der Godgeleerdheid van de Vrije Universiteit. Zijn scriptie ging over Allard Pierson en het theologisch kenprobleem.
Tijdens zijn predikantschap te Woubrugge (1982-1990) legde Aalders zich toe op de dogmengeschiedenis, hetgeen in 1990 resulteerde in een dissertatie over de jongere ethische theologie onder de titel Ethisch tussen 1870 en 1920. Openbaring, geloof en ervaring bij J.J.P. Valeton jr., P.D. Chantepie de la Saussaye en Is. van Dijk (Kampen 1990).
In de jaren die volgden verschoof zijn interesse van de dogmengeschiedenis naar de kerkgeschiedenis, die hij in samenhang met de algemene geschiedenis wil benaderen. Zo toon hij in een artikel over de toga aan dat de invoering daarvan weinig of niets met theologische voorkeuren of visies te maken had, maar het gevolg was van allerlei maatschappelijke ontwikkelingen. In het najaar van 2001 is een studie verschenen over de ambtskleding van de predikanten o.d.t. De komst van de toga. Verder publiceerde Aalders over de gevolgen van de grondwet van 1848 op de godsdienstvrijheid en over H.J. Spijker, die grote invloed heeft gehad op de scheiding van kerk en staat in de negentiende eeuw. Dit was het belangrijkste onderzoeksthema dat hem in de jaren negentig van de twintigste eeuw bezighield: de verhouding tussen kerk en staat.
Ten behoeve het Biografisch Lexicon voor de geschiedenis van het Nederlandse Protestantisme werden artikelen geschreven over P.D. Chantepie de la Saussaye, H.J. Spijker, E.L. Smelik, H.P.Timmers Verhoeven, G.P. Kits van Heijningen, C. Aalders en C.P. van Andel en anderen. Ook werkte hij mee aan de nieuwste versie van de Christelijke Encyclopedie.
Aan het begin van de 21e eeuw verschoof zijn belangstelling naar de vroege geschiedenis van de Gereformeerde Kerken in Nederland, mede als gevolg van het feit dat hij werd uitgenodigd het gedenkboek van de Faculteit der Godgeleerdheid te schrijven bij het jubileum van de VU in 2005. Dit boek verscheen in 2005 onder de titel 125 jaar Faculteit der Godgeleerdheid aan de Vrije Universiteit (Zoetermeer 2005).
In 2007 verscheen een verzameling opstellen die Aalders aan (de herkomst van) zijn familie had gewijd, Aalders uit Mitling Mark (Amstelveen 2007), daarna legde Aalders zich toe op de ontsluiting van het archief van de befaamde dr. J.G. Geelkerken. In 2012 verscheen een studie over het Hersteld Verband, in 2013 verscheen de biografie van Geelkerken. Daarna hield hij zich bezig met het studentenleven aan de VU. Hij stelde een database van VU-studenten samen en schreef enkele artikelen over student Gep Meynen.
Sinds januari 2016 richt hij zich op de relatie tussen Nederland en Hongarije gedurende het Interbellum. In het bijzonder gaat zijn aandacht uit naar de zogenaamde kindertreinen. Daarmee kwamen tussen 1920-1930 zo’n 28.000 kinderen naar Nederland. Met dr. Orsolya Réthelyi te Boedapest kwam het tot een vruchtbare samenwerking, waarmee dit thema definitief op de kaart van het historisch onderzoek is geplaatst. In 2021 verscheen van zijn hand het grensverleggende en baanbrekende onderzoek Nederlandse en Hongaarse protestanten gedurende het interbellum (Barneveld 2021). Een Hongaarse vertaling verscheen in 2023.